Otočić Sveta Marija nalazi se usred Velikog Jezera i poznat je po benediktinskom samostanu iz 12. stoljeća. Benediktinci su najprije izgradili samostan, a kasnije i crkvu koji zajedno čine obrambenu cjelinu. Samostan je napušten 1869, a otočić je do danas ostao nenaseljen iako je zbog svog izuzetnog ugođaja i važne duhovno-kulturne dimenzije svojevrsni simbol otoka i nacionalnog parka.

Rimska palača u Polačama. Luka Polače zaštičena je od jakih vjetrova četirima otočičima te ima pitku vodu pa su tako te prirodne značajke odredile lokaciju gradnje ove palače. Uz palaču se nalaze i dvije ranokrščanske bazilike. Prema procjeni ostataka koji su pronađeni, palača je izgrađena između 2. i 5. stoljeća i treći je najočuvaniji i najstariji rimski spomenik na hrvatskoj obali, odmah poslije Dioklecianove palače u Splitu i Arene u Puli.

Mljetska jezera. Mljet je jedinstven po prirodnom fenomenu, sustavu jezera koji predstavljaju geološki i oceanografski fenomen u kršu. Veliko i Malo jezero su na našim otocima rijetke pojave povremenih boćastih jezera s dnom u razini mora u kojima voda ponire, odnosno kominicira s morem. 

Zbog bujne, samonikle i očuvane vegetacije Mljet nazivaju Zelenim otokom, za što su najvjerovatnije zaslužni benediktinci koji su kao feudalni gospodari Mljeta zaista brinuli o njemu, a sve do potkraj 18. stoljeća i stogo zabranjivali naseljavanje njegova zapadna dijela, baš onog koji je danas veći dio nacionalnog parka. Šume alepskog bora, hrasta crnike ili česvine smatraju se jednim od najočuvanijih i najljepših šuma na Jadranu. Osim bogatih šuma na Mljetu rastu i brojne endemske vrste među kojima su najpoznatije dubrovačka zečina, jupiterova brada i drvenasta mlječika. Zanimljivo je da na Mljetu u prirodnom okruženju raste čak 25 različitih vrsta orhideja.

Životinjski svijet na Mljetu je postao siromašniji kada je na otok donesen indijski mali mungos zbog kojeg nema niti jedne zmije otrovnice niti male divljači. Od veće divljači na Mljetu obitavaju divlje svinje, jeleni lopatari i mufloni. Iako su zmije skoro u potpunosti istrijebljene, na otoku postoje različite vrste guštera, a ptičji svijet je bogat i raznovstan osobito tijekom seobe. Mljet je prirodno stanište dviju jedinstvenih vrsta. Sredozemne medvedice, sisavca iz porodice tuljana koja je na rubu izumiranja i meduze iz porodice Aurelija koja živi u Malom jezeru i ne može se pronaći nigdje drugdje na svijetu.